Основной сюжет Вы изложили вполне, что называется, близко к тексту, и вопрос Ваш вполне себе имеет право на существование. Потому что дьявол, как известно, всегда прячется в деталях.

В самом факте того, что какое-то СМИ реагирует на претензию, ничего необычного или удивительного, естественно, нет. Ошибки, как я уже тут писал, рано или поздно совершают все - абсолютно, без исключений. Ошибается даже Bloomberg, где за одну техническую ошибку в титрах человека сразу увольняют (по крайней мере, так было раньше).
Но обычно опровержение - и уж тем более извинения - появляются в результате довольно долгого внутреннего разбирательства, обмена мнениями с автором претензии, получения угрозы судебных разбирательств, достижения договоренности о внесудебном урегулировании и т.д. А тут все происходит в срочном порядке и после всего лишь "выраженного удивления" - интересно, дейтвительно.

Но это как раз все довольно очевидно. А я писал про деталь, которая Вам, видимо, показалась несущественной - что извинения приносит как раз не главный редактор, как Вы написали, а гендиректор, т.е. человек, который прямо в вопросы контента обычно не влезает. Поскольку информации о том, что там произошло в действительности, у меня нет, могу только строить предположения. И первое, что приходит на ум - это что вопрос наличия или отсутствия в газете данного критического материала про А. Навального для данного СМИ, видимо, оказался вопросом не просто редакционным, а политическим (в широком смысле - относительно редакционной политики).

А это, действительно, очень интересно.